Neste caso deve-se escolher o certificado digital correto, para isso, abra o seu sistema, vá na aba Configurações, depois em Certificado, clique na opção "Selecione o Certificado", faça o apontamento para o certificado correto, e clique em salvar, depois vá em MDF-e, e em monitoramento, selecione o MDF-e que possui a rejeição, clique em editar, clique em salvar para ele voltar o status para digitado, e transmita novamente, e busque o retorno do MDF-e.